我局辖区共有大小河流50多条，省航道局下达我局维护管理的有规划IX级以上内河航道50条（段）1216km，沿海航道525.6km。内河航道中，天然河流及渠化河段航道44条952km，库区航道12条（段）264km，龙川航道站维护5条（段）183km，河源航道分局维护12条（段）317km，惠州航道分局维护8条（段）225km，大亚湾航道分局维护7条（段）159km，汕尾航道分局维护21条（段）332km。
　　
　　 主要航道-东江
　　 东江是珠江水系三大河流之一，发源于江西省寻邬县桠髻钵，上游称寻邬水，在龙亭附近注入广东省后，于龙川县五合圩与贝岭水汇合后始称东江，至东莞市石龙镇进入珠江三角洲网河区。流域范围跨江西省南部的寻邬、安远、定南三县和广东省的和平、连平、龙川、东源、河源、紫金、惠阳、惠州、博罗、东莞、增城等县市部分地区，位于东径113°30′～115°45′，北纬22°45′～25°30′之间，干流全长520公里，集水面积27040平方公里（其中江西省境3524平方公里，广东省境23516平方公里），占珠江流域总面积的5.96%。主要支流有贝岭水、浰江、新丰江、秋香江、公庄水、西枝江、石马河等。
　　东江干流宋屋洲尾至惠州46公里，两岸多为平原，筑有堤防，一般河宽400～500米，河床多为沙质，平均平降0.1‰，航道维护尺度为1.0×25×120米，通航100吨级内河船舶，通航保证率95%，设置一类发光航标，属一类维护。本河段建有跨河桥梁6座，存在上头塘、水西尾等主要浅滩。
　　惠州至河源126公里，两岸多为台地平原，筑有堤防，一般河宽300～500米，河床多为沙质，平均比降为0.2‰，航道维护尺度为0.8×20×120米，通航50～80吨船舶，通航保证率95%，设置一类航标，为一类维护，建有跨河桥梁3座，存在槟榔潭、老鼠石等主要浅滩。
　　河源至老隆船舶航段88公里，两岸为山丘，一般河宽200～400米，河床为沙质，平均比降0.35‰，航道维护尺度0.6×18×90米，通航30～50吨船舶，通航保证率95%，设置重点标，为二类维护。建有跨河桥梁2座，存在柳城卵石急流滩等浅(险)滩。
　　老隆船闸至枫树坝电站航段60公里，两岸为丘陵山地，一般河宽60～120米，河床为沙质、卵石，航道维护尺度0.6×10×250米，通航保证率90%，设置重点标，为三类维护。本河段建有跨河桥梁5座。